小型冻干机在一次干燥后往往都要进行二次干燥，二次干燥又叫解析干燥，主要干燥一次干燥残留的一些未被冻结的吸附水和结合水，这些靠升华无法去除的水分要靠蒸发来去除，这部分水分一定量时会为微生物生长和某些化学反应的进行提供了条件，所以必须得到去除。
小型冻干机的冻干只将食品冻结后在一定条件下将食品中的水分以升华的方式脱去，主要包括冷冻和升华两个过程。物质从固态由于温差太大，不经过液态直接变成气态的过程叫升华。它的条件是热量的不断供给和生成的水蒸气不断的排除。
对于固态混合溶液，在升温融化过程中，当达到某一温度时，固体中开始出现液态，此温度称为共熔点。小型冻干机的共熔点是产品升温过程中从固态开始出现液态的低温度。在干燥中避免使食品温度达到共熔点，否则食品就会开始出现冰结晶的融化。
当温度较高时，蜂窝状结构的固体基质刚性降低。当温度达到某一临界值时，固体基质的刚性不足以维持蜂窝状结构，空穴的固形物质基质壁发生塌陷，此临界温度称为冻干食品的塌陷温度。
小型冻干机的两种冷冻方法各有其特色：
1.风冷法
在冻干机外对物料进行速冻，随后快速送入冻干机中进行升华干燥。
其适合疏松结构材料、冻结快、利用率高，5min内移入冻干机，15min内降压至100Pa。
2.直冷法
冻干机搁板具有冻结能力，物料在冻干机内冻结后直接进行升华干燥。
其适合卫生要求高、导热性能好的瓶装制剂，对真空抽速要求相对低，但存在冷热能量干扰问题。
