高效过滤器的阻力被称“初阻力”，对应过滤器报废的阻力值称“终阻力”。设计时，常需要一个有代表性的阻力值，以核算系统的设计风量，这一阻力值称“设计阻力”，惯用的方法是取初阻力与终阻力的平均值。确定终阻力的选择直接关系到高效过滤器的使用寿命、系统风量变化范围、系统能耗。一般情况下，终阻力的选取是空调工程设计师的事。有经验的工程师可以根据现场情况改变原设计的终阻力值。有些工程师会忘记告诉用户他所选定的终阻力值；有时用户会改换其他型号的高效过滤器或供应商。这时，现场工程师不得不自己确定终阻力值。通常使用现场的高效过滤器终阻力是初阻力的2至4倍。
高效过滤器使用时间越长就越脏，阻力增长越快。过高的终阻力值并不意味着高效过滤器的使用寿命会延长，但它会使空调系统风量锐减。因此，没有必要将终阻力值定的过高。有些试验标准规定终止试验的条件是当阻力为初阻力的2倍或更高时，这种规定与实际使用条件没多大关系。低效率初效过滤器常使用直径≥10μm的粗纤维滤料。由于纤维间空隙大，过大的阻力有可能将过滤器上的积灰吹散，此时，阻力不再增高，但过滤效率降为零。因此，要严格限制G4以下过滤器的终阻力值。高效过滤器达到终阻力，可能意味着要立刻更换，也可能意味着要做计划在明天、下星期或下个月更换过滤器。使用者怎么看待终阻力取决于现场具体规定和操作者的经验。
各个高效过滤器的阻力差别会影响风量平衡和气流均匀，安装时应将阻力过高或过低的个别空气过滤器剔除，将阻力大小相近的空气过滤器安排在同一房间中，同一房间中不同阻力的空气过滤器也宜均匀分散位置。对于单向流洁净室同一送风面上的空气过滤器，对阻力差值的要求更重要，按《洁净室施工及验收规范》规定，应符合以下关系：
每台阻力实际值（额定风量下）=（0.95～1.05）*送风面上各台实际阻力平均值
用户在使用过程中每个过滤段都应安装阻力监测装置。终阻力要靠仪表来判定，不能仅凭操作者的感觉。便宜的阻力监测装置是U形管压差计。斜管压差计比U形管美观，准确度也高些。指针式压差表档次和价格都高一些。差压变送器可以将阻力变成电流或电压信号，然后输给控制系统。除了能读数的阻力监测装置外，还应加上终阻力报警装置。省事的办法是压差计上划红杠，保险的方法是使用差压开关。
