作为离子色谱仪器的心脏，离子色谱柱一直是影响离子色谱分析结果的一个重要因素。
目前，离子色谱柱主要由一定内径的柱管加上不同类型的填料所组成，针对离子色谱流动相比较多的采用酸、碱、盐的特点，目前，多数离子色谱柱管材料由PEEK材料所组成，随着离子色谱对柱效要求的提高，离子色谱所用的填料颗粒也越来越小，同时也对柱管所能够承受的压力要求越来越高，新型的离子色谱柱要求能够承受40MPa的压力。
一般离子色谱柱内径约为4mm4.6mm，这样的色谱柱比较适合于常规1ml/mi流量的分析，针对特定的痕量分析和联用技术的需要，新型的离子色谱柱液采用微孔型离子色谱柱，微孔型离子色谱柱内径约为2mm，需要的流量只要常规离子色谱的1/4，但对于同样的进样量，检测信号可以提高倍，而所用流动相大大减少，是离子色谱今后一个发展方向。
此外，对特定的分离方式色谱柱，色谱柱内径可采用9mm规格，而对于一些用于半制备用途的离子色谱柱，也可采用大内经规格。
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