深部输精管壶腹的壁较输精管薄，内腔亦大，长约3-4厘米，粗直径可达7-8毫米。在膀胱底部两侧的输精管壶腹在左右精囊间并列接近，壶腹的末端变细，在前列腺上缘与精囊的排出管汇合而成射精管。输精管外径在2毫米左右，管内腔直径细小不及1毫米。
管壁厚而肌层发达，输精管管腔及其壶腹内也是贮存精子的场所，性高潮射精时，输精管有强烈的节律性收缩以躯动管内的精子排出。输精管坚韧如绳索，在腹股沟管和外环以下的精索内，隔着阴囊壁可自行摸到。常用的男性绝育方法，即在此段做输精管阻断术以达到控制生育的目的。输精管阻断后，仅是精液内无精子，生活中仍有性高潮和射精活动。
深部输精管是连接附睾管和射精管的、成熟精子的排出通道，左右各一，每管长约40-50厘米，管壁较厚，肌层比较发达，而管腔细小。输精管行程较长，按照其行经的部位可分为4部分：
1)睾丸部：是输精管的起始部，靠近睾丸后缘，为精索静脉从所包围自附睾尾端，沿睾丸后缘上行至睾丸上端。
2)精索部：介于睾丸上端和腹股沟管皮下环之间。输精管位于精索内各结构的后方，此段位于皮下，常为结扎输精管的部位。
3)腹股沟部：位于腹股沟管内。
4)盆部：为输精管在经过腹股沟后行于盆腔的部分，此段长。它从腹股沟的腹侧环弯向内下，经输尿管末端前上方至膀胱底的后面。在此，两侧输精管逐渐接近，并均膨大成输精管壶腹。
