连续注射器每次使用前或使用结束后的消毒方式建议是煮沸，并将各部元件拆开，尤其是要把玻璃管内的活塞退出，避免把玻璃管胀裂。注射前要检查注射器及乳胶管的气密性，及时更换老化的橡皮垫圈、活塞和乳胶管等部件，长时间磨损的玻璃管也要更换以防药液回流。
为使注射器内的气味排净，可将针头向上，反复推动后座(不可将药液射出，造成浪费)，排净空气，也可以将针头插入药液瓶内，反复推注，直至注射器内没有空气。注射时，用力适当，防止使药液被挤到活塞后头，同时，也不能太快，以防药液未吸进玻璃管即注射，造成剂量不准确以及对注射对象造成伤害。
猪舍操作时，如药液瓶是瓶口向下放置，使用时，要防止瓶塞处药液滴漏。也可以不用，每隔一定时间，将插头向侧部按压，放空气进入，以增大瓶内气压。如出现故障，可以根据具体情况，做一定的处理，或维修或更换元部件。
连续注射器使用需要注意的事项：
1、使用前,应检查各部位焊接处是否牢固,玻璃管有没有裂痕,法兰滴子(乳头)安装注射针头是否紧凑、严密,手持把柄是否配套,并将注射器的橡皮活塞调节柄按顺时针方向旋转,抽推活塞松紧适宜,检查是否漏气,有条件的可抽取自来水,观察是否漏水。
2、应根据畜禽的体格大小、注射方法等不同选配相应针头。
3、使用后,首先将各部折卸下来,用清水洗干净,根据注射器使用前后的消毒指引,进行消毒。
4、消毒后注意保管,有条件的建议保存在紫外线消毒箱内,以免受细菌感染。
