通常，不管是黄芪还是黄芪提取物，我们在使用的时候都是相对安全的；不过口服时，黄芪提取物可能引起皮疹，皮肤瘙痒，鼻腔症状或胃部不适以及头晕或心律不齐。但是，这些事件并不常见。

　　虽然说目前尚未有报道说怀孕的人群因为使用黄芪提取物而产生，不过在一些动物研究实验当中，证明了黄芪提取物对动物的胎儿有毒。所以为了保证安全，应该避免使用。

　　在传统药理的基础上，人们还发现了其具有抗肿，病毒的作用。通过研究发现，黄芪提取物的重要成分为，它对结核菌感染有明显对抗作用；而已发现其它成分如、生物碱、黄酮等具有显著抗滤泡生口腔炎病毒的作用。

　　自身免疫性疾病，如：多发性硬化症，狼疮，类风湿性关节炎患者应该避免使用：因为黄芪提取物可能使免疫系统更加活跃，这可能会加剧自身免疫疾病的症状。