好氧发酵反应器系统是将物料置于封闭的容器内，通过控制通风和水分条件，使物料进行生物降解并减量化、稳定化、无害化和资源化。系统占地面积小，臭气收集方便，运转灵活，处理效率高，受天气条件的影响小。好氧发酵设备为连续进出料系统，堆肥过程维持在供氧状态。

　　好氧堆肥的过程，一般分为三个阶段。

　　首先是中温阶段。中温阶段也称产热阶段，是指堆肥过程的初期，堆层基本呈15～45℃的中温，嗜温性微生物较为活跃而且利用堆肥中可溶性有机物进行旺盛的生命活动。这些嗜温性微生物主要以糖类和淀粉类为基质。

　　经过中温堆肥阶段后进入第二阶段，也就是高温阶段。当堆温升45℃以上时即进入高温阶段，在这一阶段，嗜温微生物受到抑制甚至死亡，取而代之的是嗜热微生物。堆肥中残留的和新形成的可溶性有机物质继续被氧化分解，堆肥中复杂的有机物如半纤维素、纤维素和蛋白质也开始被强烈分解。

　　然后进入堆肥的第三个阶段：降温阶段。在发酵后期，只剩下部分较难分解的有机物和新形成的腐殖质。此时微生物的活性下降，发热量减少，温度下降，嗜温性微生物又占优势，对残余较难分解的有机物做进一步分解，腐殖质不断增多且稳定化，堆肥进入腐熟阶段，需氧量也大大减少，含水率降低，堆肥孔隙度增大，氧扩散能力增强，此时只需自然通风。

　　滚筒式发酵法。发酵滚筒为钢结构，并设有驱动装置，安装成与地面倾斜～3°的角度，采用皮带输送机将畜禽粪便送入滚筒，滚筒定时旋转，一方面使物料在翻动中补充氧气，另一方面，因为滚筒是倾斜的，在滚筒转动过程中，物料由进料端缓慢向出料端移动。当物料移出滚筒时，物料已经腐熟。

　　反应器滚筒的轴线呈水平或是与水平方向有一定的倾角，工作时滚筒在驱动装置带动下以设定速度绕轴线转动物料在滚筒转动和筒内抄动装置作用下 被反复抄起升高跌落使物料的温度水分均匀化同时获得氧气完成堆肥反应。除反应器系统还包括风机，通气管路和尾气处理装置等。直径一般为 ~4m 长度 4-40m 转速为 6分一转，筒体倾斜放置，沿旋转方向提升的物料靠自身重力下落时逐渐向筒体出口一端移动，并从出口排出，系统可24小时连续操作，发酵时间为 4~7 天。