目前，密闭式堆肥系统有筒仓式堆肥反应器、塔式堆肥反应器、滚筒式堆肥反应器和隧道或箱式发酵仓等形式。筒仓式堆肥反应器类似于一种从顶部进料、底部卸出堆肥的筒仓，每天都由一台旋转钻在筒仓的上部混合堆肥原料并从底部取出堆肥。通风系统使空气从筒仓的底部通过堆料，在筒仓的上部收集和处理，这种堆肥方式典型的堆肥周期为14天，每天取出的堆肥体积和重新装入的原料体积是筒仓的1/14，从筒仓中取出的堆肥经常堆放在第二个通气筒仓继续腐熟。由于在筒仓垂直安装，因而这种系统使堆肥的占地面积很小。但物料在筒仓中从上至下逐层压实，会出现温度和曝气等难于控制的问题。塔式堆肥反应器的外壳由混凝土或钢板制成，内部有许多层塔板，物料从塔顶进入，通过发酵塔旋转臂上的犁形片搅拌翻动并逐层向下移动，由底层出料。物料下移同时用鼓风机将空气送到各层进行强制曝气。这种堆肥反应器具有处理量大、占地面积小的优点，但一次性投资高，设备结构复杂，活动部件多，维护工作量较大。

　　滚筒式堆肥反应器是一种使用水平滚筒来混合、曝气以及排出堆肥的系统。滚筒固定在大的支座上，并且通过一个机械传动装置来转动。滚筒可分为合体式滚筒和分体式滚筒。合体式滚筒使所有物料按照其装入滚筒时的次序运动，滚筒旋转的速度和旋转时的倾斜度决定了堆肥的停留时间。采用鼓风机强制曝气，空气流动方向与物料移动方向相反。通常滚筒式堆肥反应器可24小时连续运行，堆肥周期4-7天。优点是物料在滚筒内反复升高、跌落，可使筒内温度均匀化。实用性强，节约能源。