微波灭菌机，是利用了电磁场的热效应和生物效应的共同作用的结果。微波对细菌的热效应是使蛋白质变化，使细菌失去营养，繁殖和生存的条件而死亡。微波对细菌的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的电位分布，影响细胞膜周围电子和离子浓度，从而改变细胞膜的通透性能，细菌因此营养不良，不能正常新陈代谢，细胞结构功能紊乱，生长发育受到抑制而死亡。此外，微波能使细菌正常生长和稳定遗传繁殖的核酸[RNA]和脱氧核糖核酸[DNA]，是由若干氢键松弛，断裂和重组，从而诱发遗传基因突变，或染色体畸变甚至断裂。 微波灭菌机具有时间短、速度快；低温杀菌保持营养成分和传统风味；节约能源；均匀；便于控制；设备简单，工艺*；节省占地面积等特点广泛应用于药品生产等领域。
微波是一种高频率的电磁波，具有反射、穿透、吸收、生物能四种特性。现在常用的频率为915MHz和2450MHz，即物料极性分子震荡频率。 反射性是指微波碰到金属回反射回来，故需特殊处理的金属作内壁，根据微波器内壁所能引起的反射作用，使微波反复穿透物料，加强热效率(器腔内绝不允许使用金属容器)。 穿透性是指盛器、包装容器具有穿透性，故可用于保健营养品、药材饮片、粉状药材、各种非金属包装食品类的干燥灭菌等。 吸收性是指各类含水药材，由于吸收高频率微波使水分子产生剧烈震荡，摩擦发热而蒸发，达到干燥灭菌目的。
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