由于微波加热是将电磁能转化为热能，故为内部加热，不需要热传递过程，且内外同时加热，效果均匀，瞬时即可达到高温，一般来说，传统灭菌方法至少要达100℃以上，用时也较长，十至几十分钟不等。而微波灭菌温度70~90℃即可，用时短，一般3-5分钟即可，方便省时。

微波灭菌设备低温杀菌，保持食品营养成分和风味。 熟食微波灭菌设备杀菌是通过特殊的热和非热效应杀菌，与高温杀菌比较，能在比较低的温度和较短的时间获得所需的消毒杀菌效果。微波灭菌设备杀菌温度一般在70-90摄氏度，就能达到效果，并能限度地保持食品的营养成分和色、香、味、形等。如常规热力处理的蔬菜保留的是46%-50%，而微波处理是60%-90%；常规加热猪肝保持率为58%，而微波加热为84%。