2、低温杀菌保持营养成分和传统风味 微波杀菌是通过特殊热和非热效应杀菌，与常规热力杀菌比较，能在比较低的温度和较短的时间就能获得所需的消毒杀菌效果。实践表明，一般杀菌温度在75-80℃就能达到效果，此外，微波处理食品能保留更多的营养成分和色、香、味、形等风味，且有膨化效果。如常规热力处理的蔬菜保留的是46-50%，而微波处理是60-90%，常规加热猪肝保持为58%，而微波加热为84%。
3、节约能源 常规热力杀菌往往在环境及设备上存在热损失，而微波是直接对食品进行作用处理，因而没有额外的热能损耗。此外，其电能到微波能的转换效率在70-80%，相比而言，一般可节电30-50%。
4、表面和内部都同时进行 常规热力杀菌是从物料表面开始，然后通过热传导传至内部，存在内外温差。为了保持食品风味，缩短处理时间，往往食品内部没有达到足够温度而影响杀菌效果。由于微波具有穿透作用，对食品进行整体处理时，表面和内部都同时受到作用，所以消毒杀菌均匀、。
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