微波食品杀菌机主要采用微波对食品进行辐射杀菌，微波杀菌主要靠微波的生物效应和热效应。食品在微波的辐射下细胞膜断面的电位分布受到影响，造成细胞膜周围电子、离子浓度和细胞膜的通透性能改变，造成细胞营养不良，不能正常新陈代谢，细胞结构功能紊乱，生长发育受到抑制而死亡。微波的热效应是菌体由于吸收微波能升温。使物料的水分子升温挥发，从而使细菌体内蛋白质同时受到无极性热运动和每秒钟亿次震荡的作用，使其空间结构变化或破坏，而使蛋白质变性。蛋白质变性后就失去生物活性。 传统的食品杀菌设备和消毒方法有很多种，有通过温度进行杀菌的巴氏杀菌和高温杀菌，也有通过红外、紫外或臭氧进行杀菌。微波杀菌属于低温杀菌，通过微波杀菌设备处理过的食品的保质期可延长3～8倍，并且是低温处理，不破坏食品原有的营养成份、色泽、口感和天然风味。