巴氏杀菌机是根据巴氏灭菌法设计适用于软包装食品饮料的二次灭菌，一般由杀菌机、冷却机和风干机组成。
整个流程分四步：清洗→灭菌（杀菌槽中的热水温度控制在80-90℃，时间可控）→冷却（常温或冰水）→风干干燥。
饮料生产线主要由蒸汽锅炉；一级反渗透/二级反渗透水处理系统；调配过滤系统（高剪切罐、冷热缸、双联过滤器、储料罐、均质机、高温瞬时灭菌机等）；灌装包装系统（自立袋灌装旋盖机、人工上瓶或自动卸瓶系统、半自动或全自动理瓶机、常压洗瓶灌装旋盖三合一机或分体式洗瓶灌装旋盖生产线、灯检机、风送系统、贴标/套标机、油墨喷码机或激光喷码机、热收缩机、装箱机、传输链道系统、空气净化系统、塑杯灌装封口机）；二次杀菌系统（杀菌釜、巴氏杀菌线、风干机）等组成。